ISEPでは、国内外の様々な関係機関とのネットワークを活用した情報・知識の交流を行っています。国内では、各自然エネルギー事業者団体の協働の場である日本再生可能エネルギー協会（JREP）のメンバーとして、政策提言活動を行っている他、海外の主要な自然エネルギー関連団体等とのネットワークを通じ、国際会議、研究活動を通じ交流を図っています。
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国内の自然エネルギー関係機関、エネルギー政策関係機関とも連携をとり、活動を進めています。
・主な関係機関一覧
- JREP（社団法人 日本再生可能エネルギー協会）
- 自然エネルギー財団
- CAN-J
- eシフト
- エネシフ ジャパン
- みんなのエネルギー環境会議
- 自然エネルギー政策プラットフォーム（JREPP）
- 自治体グリーン政策の窓
- ローカル自然エネルギー・気候政策東京会議2009（TOLREC）
- グリーンエネルギー購入フォーラム（GEP Forum）
- みんなのグリーン電力 (GPP)
- エナジーグリーン株式会社（ENERGY GREEN）
- おひさまエネルギーファンド株式会社
- 市民エネルギー調査会
- 永続地帯研究会
- 気候ネットワーク
- WWFJapan
- グリーンピース・ジャパン
- イクレイ日本(ICLEI Japan)
- 環境市民
- 環境首都コンテスト全国ネットワーク
- 原子力資料情報室
- 自然エネルギー推進市民フォーラム(REPP)
- 風力発電トラスト
- 風力発電ネットワーク
- FoE Japan
- ワールドウォッチジャパン
- 地域循環研究所
- 国際協力NGO：ソーラネット
海外の自然エネルギー分野における主要な関係機関とのネットワークを通じて、最新の情報・知識の交流をおこなっています。
・主な関係機関一覧
- IRENA (International Renewable Energy Agency)
- REN21 (Renewable Energy Network for the 21st century)
- REEEP(Renewable Energy and Energy Efficiency Partnership)
- WWEA (World Wind Energy Association)
- WBA (World Bioenergy Association)
- ISES (The International Solar Energy Society)
- ISCI (International Solar City Initiative)
- World Future Council
- WCRE (World Council for Renewable Energy)